Pengurus Fakultas Ekonomika dan Bisnis Universitas Gadjah Mada yang pertama adalah Prof. Kertanegara, S.H. dan Prof. Drs. Soenardjo yang masing-masing ditunjuk oleh Pimpinan Universitas Gadjah Mada sebagai Ketua Fakultas dan Sekretaris Fakultas. Pengurus fakultas ini terus berganti, dan secara lengkap, susunan pengurus Fakultas Ekonomika dan Bisnis pada periode-periode berikutnya adalah sebagai berikut:

1. Tahun 1955-1957

• Dekan: Prof. Kertanegara, S.H.
• Sekretaris: Prof. Drs. Soenardjo

2. Tahun 1957-1958

• Dekan: Prof. Kertanegara, S.H.
• Sekretaris: Prof. I. Gondowardoyo, S.H.
• Wakil Sekretaris: Drs. P.I. Oey Liang Lee

3. Tahun 1958-1959

• Dekan: Prof. Kertanegara, S.H.
• Sekretaris: Prof. I. Gondowardoyo, S.H.
• Wakil Sekretaris: Roekmono Markam, S.H.

4. Tahun 1959-1960

• Dekan: Prof. Kertanegara, S.H.
• Sekretaris: Prof. I. Gondowardoyo, S.H.
• Wakil Sekretaris: Drs. R.T. Hindarsah Wiraatmadja

5. Tahun 1960-1961

• Dekan: Prof. Kertanegara, S.H.
• Sekretaris: Prof. I. Gondowardoyo, S.H.
• Wakil Sekretaris: Drs. Guntur Sudarsono

6. Tahun 1961-1962

• Dekan: Prof. Kertanegara, S.H.
• Sekretaris: Wiyanto, S.H.
• Wakil Sekretaris: Drs. Irawan

7. Tahun 1962-1963

• Dekan: Soepojo Padmodiputro, M.A.
• Pembantu Dekan I: Drs. Soehardi Sigit
• Pembantu Dekan II: Drs. Bambang Riyanto
• Pembantu Dekan III: Soetatwo Hadiwigeno, M.A.

8. Tahun 1964-1966

• Dekan: Drs. Bambang Riyanto
• Pembantu Dekan I: Drs. Kaswardjono
• Pembantu Dekan II: Drs. Gunawan Adisaputro, MBA.
• Pembantu Dekan III: Soetatwo Hadiwigeno, M.A.

9. Tahun 1966-1969

• Dekan: Drs. Sukadji Ranuwihardjo, M.A.
• Pembantu Dekan I: Drs. Irawan, MBA.
• Pembantu Dekan II: Soedarsono, M.Sc.
• Pembantu Dekan III: Harsono, M.Sc.

10. Tahun 1969-1971

• Dekan: Drs. Sukadji Ranuwihardjo, M.A.
• Sekretaris: Drs. Bambang Riyanto

11. Tahun 1971-1973

• Dekan: Drs. Sukadji Ranuwihardjo, M.A.
• Sekretaris: Drs. Bambang Riyanto

12. Tahun 1973-1975

• Dekan: Drs. Sukadji Ranuwihardjo, M.A.
• Sekretaris: Sukanto Reksohadiprodjo, M.Com.

13. Tahun 1975-1977

• Dekan: Dr. Soetatwo Hadiwigeno, M.A.
• Sekretaris: Drs. Kaswardjono

14. Tahun 1977-1979

• Dekan: Dr. Soetatwo Hadiwigeno, M.A.
• Sekretaris : Drs. Kaswardjono

15. Tahun 1979-1981

• Dekan: Dr. Soetatwo Hadiwigeno, M.A.
• Pembantu Dekan I: Dr. Soelistyo, MBA.
• Pembantu Dekan II: Drs. Heidjrachman Ranupandojo
• Pembantu Dekan III: Drs. Gunawan Adisaputro, MBA.

16. Tahun 1982-1985

• Dekan: Dr. Sukanto Reksohadiprodjo, M.Com.
• Pembantu Dekan I: Dr. Soelistyo, MBA.
• Pembantu Dekan II: Drs. Arief Suadi, MBA.
• Pembantu Dekan III: Drs. Gunawan Adisaputro, MBA.

17. Tahun 1985-1988

• Dekan: Dr. Sukanto Reksohadiprodjo, M.Com.
• Pembantu Dekan I: Dr. Budiono Sri Handoko, M.A.
• Pembantu Dekan II: Drs. Radiosunu, Drs. Slamet Munawir, Akt.
• Pembantu Dekan III: Drs. Gunawan Adisaputro, MBA.

18. Tahun 1988-1991

• Dekan: Dr. Dibyo Prabowo, M.A.
• Pembantu Dekan I: Dr. Nopirin, M.A.
• Pembantu Dekan II: Drs. R.A. Supriyono, S.U., Akt.
• Pembantu Dekan III: Drs. Iswardono Sardjono Permono, M.A.

19. Tahun 1991-1994

• Dekan: Prof. Dr. Soedijono Reksoprajitno, MBA.
• Pembantu Dekan I: Dr. Suad Husnan, MBA.
• Pembantu Dekan II: Drs. Ari Sudarman, M.Ec.
• Pembantu Dekan III: Drs. Bambang Kustituanto, M.A.

20. Tahun 1994-1997

• Dekan: Dr. Nopirin, M.A.
• Pembantu Dekan I: Dr. Insukindro, M.A.
• Pembantu Dekan II: Drs. Harnanto, M.Soc.Sc.
• Pembantu Dekan III: Drs. Mohamad Adnan Hadjam, M.A.

21. Tahun 1998-2001

• Dekan: Prof. Dr. Nopirin, M.A.
• Pembantu Dekan I: Dr. A.R. Karseno, M.A.
• Pembantu Dekan II: Drs. Harnanto, M.Soc.Sc.
• Pembantu Dekan III: Drs. Mohamad Adnan Hadjam, M.A.

22. Tahun 2001-2004

• Dekan: Prof. Dr. Zaki Baridwan, M.Sc.
• Wakil Dekan Bidang Akademik: Prof. Dr. Basu Swastha Dharmestha, MBA.
• Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum: Drs. Dumairy, M.A.
• Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan: Drs. Mohamad Adnan Hadjam, M.A.

23. Tahun 2004-2007

• Dekan: Dr. Ainun Na'im, MBA.
• Wakil Dekan Bidang Akademik: Dr. M. Masykur Wiratmo, MSc.
• Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum: Dr. Didi Achjari, M.Com.
• Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan, Alumni dan Kerjasama: Dra. Sari Winahjoe. S, MBA.

24. Tahun 2007-2008

• Dekan: Dr. Lincolin Arsyad,.M.Sc.
• Wakil Dekan Bidang Akademik: Dr. Supriyadi, M.Sc.
• Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum: Dr. Didi Achjari, M.Com.
• Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan, Alumni dan Kerjasama: Dra. Sari Winahjoe. S, MBA.

25. Tahun 2008-2012

• Dekan: Prof. Marwan Asri, MBA., Ph.D.
• Wakil Dekan Bidang Akademik, Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat: B.M. Purwanto, MBA., Ph.D.
• Wakil Dekan Bidang Administrasi, Keuangan dan Pengembangan Sumber Daya Manusia: Eko Suwardi, M.Sc., Ph.D
• Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan, Alumni, Kerjasama dan Pengembangan Usaha: Wihana Kirana Jaya, M.Soc.Sc., Ph.D

26. Tahun 2012-2016

• Dekan: Prof. Dr. Wihana Kirana Jaya, M.Soc.Sc.
• Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kemahasiswaan : Dr. B.M. Purwanto, M.B.A.
• Wakil Dekan Bidang Keuangan, Aset dan Sumber Daya Manusia : Prof. Dr. Slamet Sugiri, M.B.A.
• Wakil Dekan Bidang Penelitian, Pengabdian kepada Masyarakat, Kerja Sama dan Alumni : Dr. Muhammad Edhie Purnawan, M.A.
• Wakil Dekan Bidang Perencanaan dan Sistem Informasi: Dr. Eko Suwardi, M.Sc.

27. Tahun 2016-2021

• Dekan: Dr. Eko Suwardi, M.Sc.
• Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kemahasiswaan: Prof. Mahfud Sholihin, M.Acc., Ph.D.
• Wakil Dekan Bidang Keuangan, Aset dan Sumber Daya Manusia: Kusdhianto Setiawan, Sivilekonom., Ph.D.
• Wakil Dekan Bidang Penelitian, Pengabdian kepada Masyarakat, Kerja Sama dan Alumni: Amirullah Setya Hardi, Cand.Oecon., Ph.D.

28. Tahun 2021-2026

• Dekan: Prof. Dr. Didi Achjari, M.Com., Ak., CA.
• Wakil Dekan Bidang akademik dan Kemahasiswaan: Bayu Sutikno, S.E., M.S.M., Ph.D.
• Wakil Dekan Bidang Keuangan, Aset, dan Sumber Daya Manusia: Suyanto, S.E., M.B.A., Ph.D.
• Wakil Dekan Bidanh Penelitian, Pengabdian kepada Masyarakat, Kerja Sama, dan Alumni: Gumilang Aryo Sahadewo, S.E., M.A., Ph.D.